魂之引
西历２０００年９月１３日
「第二次冲击」发生。
在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变。当时海面水位上升，地轴扭曲，天灾四起，经济瓦解……几日内，世界人口锐减了二分之一……
南极，成为了宁静的残亡地域。人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。饱受了惊惶与疲劳的人们，将这场灾难沉重的浩劫，称之为「第二次冲击」（ＳＥＣＯＮＤＩＭＰＡＣＴ）。
第二次冲击发生于２０００年，原因是由于人类对位于南极大陆深层的白之月中沉睡的亚当（Ａｄａｍ）进行接触实验的过程中，因实验情况失去控制导致亚当（Ａｄａｍ）苏醒并释放其力量，引起南极地区大爆炸，海平面上升，地轴偏转，大部分地区季节发生变化，日本则成为了终年只有夏天的炎热国度。
据说在」第二次冲击」发生之后，负责勘探灾难地点的国联军发现了令人惊叹的，稍微有些残缺的「死海文书」。
据说该书中记载的内容包括文书自身的来源、一个名为关于生命之树、隆基努斯枪和加福之所的启示，以及被称为」使徒」
们将在十五年后来到人类世界的预言。另外，除了上述内容，文书中貌似还记载了将在十五年后，世界发生」第三次冲击」的预言。
不过关于「死海文书」的流言，国联军官方始终在极力否认该文书的存在。
对于一些学者提出的，「第三次冲击」将完全覆灭人类文明的看法也嗤之以鼻。
久而久之，刚刚从大灾难中幸存下来的人们，已经只顾得上投身于艰难地重建生活之中，慢慢忘记了去追究「第二次冲击」的缘由，也逐渐淡忘了那些被官方认定为」危言耸听」的，关于「第三次冲击」的预言。
西历２００２年
国联正式发表公告，称２０００年９月１３日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于４０亿年前的地球与小行星的撞击。但对于造成「第二次冲击」的真实原因却无人知晓。
不过现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，在一些依旧固执己见的专家之间流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。
另外，「第二次冲击」的唯一幸存者，日本裔少女葛城美里由于受到极度惊吓而陷入自闭状态，并被国联保护。
西历２００３年
人类进化研究所正式成立在日本箱根地区，日本学者碇源堂担任所长。京都大学的冬月幸增教授应学生碇唯之邀，答应假如人类进化研究所，协助碇源堂。
与此同时，由国联授权的秘密计划- 「人类补完计划」开始由人类进化研究所秘密实施。该计划中又包括复原原始形态亚当的「亚当计划」和制作人形兵器的「Ｅ计划」。在「Ｅ计划」的设计中，一种被称为ＥＶＡ的人形兵器开始在箱根地区秘密制造。
西历２００４年
在被称为ＥＶＡ零号机的启动仪式之中发生重大事故，人类进化研究所研究员碇唯在试验中失踪，她和研究所所长碇源堂年仅３岁的幼子碇真嗣亲眼目睹了母亲死亡。
妻子死亡之后，人类进化研究所所长碇源堂开始加速「人类补完计划」的实施速度。
西历２００８年
人类进化研究所高级技术长赤木尚子博士开发出具有跨时代意义的「ＭＡＧＩ」系统理论基础，同年，尚子博士的女儿，毕业于第二新东京市第二东京大学的赤木律子追随母亲加入了人类进化研究所。
西历２０１０年
拥有三位一体思考功能的超级电脑「ＭＡＧＩ」宣告完成建设，不过开发者赤木尚子博士却在开发成功之后自杀身亡。据业内人士传言，尚子博士在自杀前曾亲手掐死了一个研究所内的幼女，这也让尚子博士蒙上了畏罪自杀的嫌疑。
同年，人类进化研究所在秘密组织ＳＥＥＬＥ（同灵）的授权下，正式改名为ＮＥＲＶ（神经元），ＳＥＥＬＥ组织最高领导基路为最高掌权者，碇源堂担任司令，冬月幸增担任副司令。成为了拥有超法规武装ＥＶＡ人形兵器，并随时准备着五年之后可能到来的「第三次冲击」。
在之后的几年中，在ＳＥＥＬＥ组织的支持下，ＮＥＲＶ成为了全球拥有九个支部，总部位于日本第三新东京市，旗下拥有两部被称为ＥＶＡ的秘密兵器的绝密武装组织。
西历２０１５年
在破损《死海文书》中记载的使徒终于降临于日本第三新东京市，而在国联军常规兵器一概不奏效的情况下，ＮＥＲＶ组织终于出动了秘密兵器ＥＶＡ初号机，并在防卫作战中大破代号为「水天使」的巨大怪物萨基尔，成功地挽救了濒临被完全破坏的第二新东京市。